袁崇焕就留下一个口实，被后来人利用，成为一年以后袁崇焕被杀的

九年以来，兵马钱粮，不受经、抚管核。一当斩!全无征战，却报首功。二当斩!文龙刚愎撒泼，无人臣礼。三当斩!侵盗边海钱粮。四当斩!皮岛自开马市，私通外夷。五当斩!亵朝廷名器，树自己爪牙。六当斩!劫赃无算，躬为盗贼。七当斩!好色诲淫。八当斩!拘锢难民，草菅人命。九当斩!交结近侍。十当斩!掩败为功。十一当斩!开镇八年，不能复辽东寸土，观望养寇，十二当斩。

这个时候，袁督师再拜，请尚方宝剑，交给他的副官，当场斩毛文龙的头在帐下。然后袁崇焕说：我袁崇焕今天杀了毛文龙，如果五年不能复辽，就请皇上以这个办法来杀我袁崇焕。

袁崇焕杀了毛文龙之后，做了几件事情：

第一件事情，埋葬文龙尸体。找了棺木把毛文龙掩埋，掩埋之前，袁崇焕宣读了祭文：“昔斩尔，乃朝廷大法;今祭尔，乃僚友私情。”声泪俱下，宣读祭文。

第二件事是安抚东江各官。

第三是整合皮岛部伍，查点人数，实际上一万多人不到两万人，这些人按照编制定期发给粮饷。

第四，分赏东江官兵。

第五，遣散无辜难民。

第六，题请裁撤总兵。就是不设东江总兵了，归蓟辽督师直接来控制。

第七，移咨朝鲜国王。把处理毛文龙这个事情正式写成公文，发给朝鲜国王李倧，通告这个事情，两方面协调。

第八，立即奏报皇上。把事情原原本本处理经过，给崇祯皇帝做了奏报。

那么兵部尚书兼蓟辽督师袁崇焕，他用尚方宝剑杀了东江总兵毛文龙，究竟是属于职权范围之内的事还是属于越权擅杀呢?

概括起来说是两种意见：

第一种意见，毛文龙该杀。有人认为毛文龙应该杀，也可以杀，应当是先奏后斩，而不应该是先斩后奏。袁崇焕你尚方宝剑只有权利杀副总兵以下的，总兵这一级，尚方宝剑是不能杀的。

第二种意见，毛文龙不该杀，杀错了。即使是毛文龙是无功有过，那个过，这12条没有一条够死罪，你可以惩罚他，不够死罪，那你杀了他，四个字叫同室操戈。

那有人问，你到底怎么看?我说说我的看法吧。

第一，袁崇焕杀了毛文龙，不是出于个人的恩怨，是为了实现“五年复辽”这个大的目标，这不是个人问题。

第二，袁崇焕杀毛文龙目的之一，是要节制东江，把东江这块基地作为“五年复辽”整个棋盘上的一个基地。我上面说过的，袁崇焕的前、中、后、左、右五个棋子布局来实现复辽。杀了毛文龙，保留这块基地，作为五年复辽的一个重要基地进行一个部署，而不是放弃这块基地。

第三，袁崇焕对毛文龙可以说是晓之以理，动之以情，苦口婆心，五个回合，一直谈到深更半夜，长期说服，但是毛文龙是冥顽不化，拒不接受，最后也是咎由自取。

第四，袁崇焕杀毛文龙的确是擅权、是违制，这是袁崇焕性格上的缺陷，也是他作为上的缺陷，这一点不可取。