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两种蛇菰基因组破译 揭示植物界“寄生虫”演化历程

类别:科技 发布时间:2023-09-23 09:29:00 来源:极目新闻

9月22日,记者从深圳华大生命科学研究院获悉,该院联合中国科学院昆明植物研究所、加拿大英属哥伦比亚大学等单位,合作完成两种蛇菰的基因组解析,并揭示其独特形态和特殊生活方式的背后机制,相关成果发表于国际期刊《自然·植物》。

地球上绝大多数植物为“自养型”,从土壤中吸取养分,依靠光合作用获取生长能量。然而在被子植物中,却进化出至少12类近5000种寄生植物,它们从其他植物中获得营养物质,其中一些寄生植物甚至完全丧失了光合作用能力,被称为全寄生植物,蛇菰科植物是全寄生植物的典型代表之一。

“与自养植物相比,寄生植物发生了不同数量的基因丢失。”深圳华大生命科学研究院博士陈晓丽介绍,“通过比较杯茎蛇菰、球穗蛇菰与其他类群的寄生植物,发现半寄生植物丢失基因相对较少,而全寄生的蛇菰和寄生花却发生了大量基因丢失(分别为28%和38%),尽管它们有着不同的起源,但丢失的基因大部分却是相同的。”

研究人员猜测,蛇菰可能直接利用了宿主中合成的脱落酸(脱落酸是一种植物激素),这代表了寄生植物与宿主互作的一种全新的形式。

两种蛇菰基因组破译 揭示植物界“寄生虫”演化历程

来自5个类群的寄生植物形态及一些关键功能的基因丢失。受访者供图

加拿大英属哥伦比亚大学教授肖恩认为,有一些基因丢失对寄生植物来说是有益的,如蛇菰脱落酸合成通路相关基因的丢失,能保证寄生植物与宿主保持生理上的同步,可能更有利于自身的存活。

深圳华大生命科学研究院研究员刘欢表示,该研究揭示了寄生植物与宿主之间复杂的互作关系,有助于人们了解寄生植物的进化机制,特别是对农业中一些寄生杂草的控制有很大帮助。

(来源:科技日报)

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在左图中,超级计算机模拟揭示了抗生素依维宁(浅蓝色)如何与细菌核糖体中的tRNA分子(金色)相互作用。右图显示,在没有抗生素的情况下,不正确的tRNA(橙色)如何进入核糖体。图片来源:《自然·通讯》杂志

研研究团队指出,信使核糖核酸(mRNA)的代码携带着信息,可在细胞中产生特定蛋白质。核糖体通过从mRNA中读取代码来获得遗传信息。核糖体在分子信息表中查找代码——一组被称为转移RNA(tRNA)的分子,用于选择特定的氨基酸,并根据这些代码指令制造蛋白质。

利用超级计算机有助于研究人员更深入理解核糖体如何读取信使mRNA的代码信息。研究人员指出,约50%的抗生素会抑制核糖体的功能,这是一种有效的抗生素策略。为开发新抗生素,需要了解核糖体在原子水平上是如何工作的。为此,研究小组模拟了核糖体和tRNA之间相互作用的分子动力学。

他们的模拟表明,不正确的tRNA分子在与核糖体相互作用时不会采用正确的几何形状,通过在这些模拟中引入抗生素庆大霉素、新霉素和潮霉素等,他们证明了抗生素会影响tRNA的几何形状,导致核糖体掺入不正确的tRNA或根本不掺入。

研究人员指出,核糖体是所有生命形式的核心信息处理分子机器,它必须破译相关氨基酸的信息,哪些是正确的可以接受的,哪些是错误的需要拒绝的,才能在细胞中构建蛋白质。借助该实验室的超级计算机,他们能够逐个原子地对这一过程进行成像,并展示抗生素如何影响这一过程,这对于应对将来可能出现的抗生素耐药菌危机至关重要。

(来源:科技日报)

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