刘裕完成了上述军事上政治上的措施

东晋朝的崩溃——桓玄为盟主的诸藩镇，占据建康以西的州郡，朝廷政令只能施行在东方的会稽（治山阴，浙江绍兴县）、临海（治章安，浙江临海县）、永嘉（治永宁，浙江永嘉县）、东阳（治长山，浙江金华县）、新安（治始新，浙江淳安县）、吴（治吴，江苏吴县）、吴兴（治乌程，浙江吴兴县）、义兴（治阳羡，江苏宜兴县）八郡，一切残酷的剥削自然也集中在八郡民众的身上。司马元显为防御王恭等人的进攻，调东方诸郡“免奴为客”人集合建康充当兵役，号称“乐属”。这又引起地主（乐属的主人）和佃客（乐属）的怨恨。五斗米道徒士族孙恩乘民心骚动，三九九年，从海岛率徒党百余人攻破上虞县（浙江上虞县），又攻破会稽郡，部众骤增至数万人。其余七郡同时起事，攻杀晋官吏、响应孙恩，不到十天，孙恩有众数十万人。孙恩的徒党号称“长生人”，是一群奉五斗米道的亡命无赖。孙恩和这群人专事屠杀掳掠，破坏不遗余力。

会稽是王羲之、谢安等北方士族聚居的名郡，吴郡、吴兴（包括义兴）是南方士族的中心居地，这三郡号称三吴，是东晋朝经济文化发达的地区。当然，士族所在地的民众，受士族的压迫是说不尽的，对士族的仇恨自然也是难以抑制的，愚蠢而疯狂的野心家孙恩等人利用民众的积怒，纵徒党杀人，甚至婴儿也不能免死。晋将谢琰刘牢之率兵来攻，孙恩徒党在诸郡烧仓库，毁房屋，塞水井，砍林木，掳掠妇女财物，都逃到会稽郡来。谢琰收复义兴吴兴两郡，刘牢之收复吴郡，进军到浙江边。孙恩起初听说诸郡响应，对徒党们说，天下没事了，我带你们到建康享福去。后来听说刘牢之到了浙江边，对徒众们说，我割据浙江东部，还可以做个越王勾践。等到刘牢之军渡过浙江，孙恩对徒众们说，我是不以逃走为羞耻的。孙恩掳男女二十余万人逃往海岛。此后孙恩连年从海路入寇。四○一年，孙恩率舟师十余万人自海路突袭京口，逼近建康，司马道子惊骇，不知所措，赖刘牢之部将刘裕奋勇进击，大破孙恩军。刘牢之等援军赶到建康，孙恩屡次战败，又逃入海岛。四○二年，孙恩入寇临海郡，被晋兵击败。孙恩穷困投海自杀，徒党和妓（奏音乐的妇女）妾说他成了水仙，跟着投水的多至百余人。被孙恩掳去的二十余万人，三四年间，不是战死溺死，便是被贩卖作奴隶，到孙恩死时只剩下数千人。孙恩连年从海岛入寇，前后数十战，又杀死民众数万人。

孙恩死后，余众推卢循为首领，被刘裕追击，泛海逃走。四○四年，卢循攻陷广州，以后连年入寇，四一○年，率兵十余万逼近建康，被刘裕击败，卢循逃到交州。四一一年，交州刺史杜慧度击杀卢循。孙恩在败逃入海以前，多少还算是率领农民起义，卢循则完全是五斗米道作乱。

正当东晋朝全力攻击孙恩的时候，桓玄乘机吞并上游诸藩镇，占有东晋三分之二的土地。三吴破败，东晋朝失去了依靠，成为仅有空名的朝廷。桓玄认为灭晋称帝的机会到了，与孙恩军逼近建康同时，桓玄在江陵聚众，谋夺取建康。四○二年，司马元显发兵要进攻桓玄，桓玄军却顺流而下，攻入建康，杀司马道子司马元显，政权全归桓玄。四○四年，桓玄废晋安帝，自立为皇帝，国号楚。

孙恩乱后，东方诸郡大饥，一向腐朽的士族中人，这时候披着精制的罗衣，抱着心爱的金玉，关着大门整家整家地饿死。他们连掘些草根充饥的本领也没有，当然不会有人起来和桓玄争夺帝位。但是，桓玄也是腐朽已极的一人，他不可能维持既得的地位。当时存在着一个能够消灭桓族势力的人物——刘裕。桓玄刚登上帝位，刘裕便在京口纠集力量，率众一千七百人攻入建康，桓玄逃回江陵。晋兵杀桓玄，灭桓氏一族。刘裕恢复晋安帝的皇帝名义，自己在政治上武功上积极准备威望。四二〇年，刘裕废晋帝，建立起宋朝。

东晋朝十一帝，首尾凡一百零四年。宋朝四二〇年至四七九年。刘裕出身破落的低级士族。东晋初，刘家避难，从彭城迁居京口。刘裕幼年贫穷，不得读书，以耕地为业，兼做樵夫、渔夫及卖履小贩。他又是个酷爱赌博的无赖，曾因赌输，被京口大族刁逵缚在马桩上索赌债。这种经历使得刘裕懂得劳动民众的疾苦并具有冒险求利的性格。

京口是从北方各地流亡来的士族和民众聚居的地方，号称北府，与历阳同为扬州重镇。居民风俗强悍，敢于从军。谢安辅政，举谢玄为将。谢玄在京口募兵，得勇士刘牢之等人。刘牢之常领精锐当前锋，战无不胜，号称北府兵。淝水大战，苻坚军崩溃，晋军前锋五千人，就是刘牢之统率的北府兵。三九九年，刘牢之击孙恩，刘裕在刘牢之部下当小军官，勇悍善战，屡立大功。刘牢之部下诸将，抢掠财物，比盗贼更凶，独刘裕约束部属，纪律严明，大得民心。从此，刘裕成为北府兵的著名将领，击灭孙恩卢循，主要是刘裕的功绩。

四〇四年，桓玄篡晋，刘裕在京口约集失意士人密谋攻桓玄，被众推为盟主。刘裕击败桓玄，掌握东晋朝政权。后来积累战功，打下帝业基础，和晋元帝依靠大族推戴的情形完全不同。刘裕所创的宋朝，皇帝独掌大权，主要辅佐，多选用寒门，原来的高门大族，只能做名大权小的官员，难得皇帝的信任。削弱士族的政治势力，实行皇帝专制的中央集权，宋朝国内的统一程度远非强藩割据的东晋朝所能比拟，政权大大增强了。当时鲜卑拓跋部统一黄河流域，出现强大的魏国，如果没有统一的汉族政权，鲜卑人几次大举南侵，很有可能并吞长江流域，摧残发展中的经济和文化。所以，刘裕消灭纪纲不立、豪强横行的东晋朝，建立起比较有力的宋朝，对汉族历史是一个大的贡献。刘裕灭桓氏后，要取消司马氏皇帝的名号，还必须自己先取得更高的威望。因此，刘裕为灭晋而进行北伐。同时也为消灭国内割据势力而进行统一战争。

四〇九年，刘裕攻南燕。四一○年，破南燕都城广固（山东益都县），灭南燕，收复青州。卢循乘刘裕北伐，率军向建康进攻，刘裕亲率精兵回建康，击败卢循。四一一年，收复广州。四一二年，攻破江陵城，杀割据者刘毅。四一三年，刘裕遣将军朱龄石收复成都，杀割据者谯纵。四一五年，刘裕遣将军王镇恶攻克襄阳，驱逐割据者司马休之。东晋境内在刘裕势力下全部统一了。四一六年，刘裕率将军王镇恶、檀道济、沈田子等分五路，水陆并进，攻后秦国，沿途收复滑台（河南滑县）、许昌、洛阳等重镇。四一七年，刘裕军攻破长安，灭后秦国。刘裕出关回彭城，留守军内乱，四一八年，关中被赫连勃勃夺去。这次北伐，胜利是巨大的，关中虽失去，自潼关东至青州，却成为宋朝的疆土。后来宋魏间战争，多在这些土地上进行，使长江流域得到较为长期的安静。东晋初，设立侨郡县，凭空增添官职，用以安置流亡士族。四一三年，刘裕实行土断法，令北方流亡来的士民，就所居地作为土著，与南方土著同等待遇。许多侨郡县从此省去，有利于行政统一和节省开支。

东晋朝重要地区用大族作镇将，因而形成割据的局面。刘裕改用皇子作镇将，特别是荆州江州两镇，所统兵甲占全国兵甲的半数，更非选皇子不可，从此建康朝廷不再受大族重镇的威胁。