桓氏兵败全族被诛，刘裕全胜安帝还都

桓玄至江陵，收集荆州兵，有众二万，复挟晋安帝东下。行抵峥嵘洲，正值刘毅各军扬帆前来。刘道规望桓玄船麾众先进，刘毅、何无忌，鼓棹随行。此时正是仲夏天气，西南风吹得甚劲，刘道规乘风纵火，刘毅等亦助薪扬威，烧得长江上下，烟雾迷濛。桓玄所督领诸战舰，多半被焚，部卒大乱。桓玄慌忙改乘小舟，仍将晋安帝挟去遁还江陵。

部将殷仲文叛桓玄降刘裕，奉晋二后还京。桓玄再返江陵，人情离叛，没奈何乘夜出奔，欲往汉中。南郡太守王腾之，荆州别驾王康产，奉晋安帝入南郡府，寻迁江陵。

益州刺史毛璩有侄毛修之，为桓玄屯骑校尉，诱桓玄入蜀。桓玄依言西行，至枚回洲，适上流来了丧船数艘，船首立着一员卫弁，与毛修之打了一个照面，便厉声呼道：“来船中有无逆贼？”毛修之不答，桓玄却颤声说道：“我是当今新天子，何处盗贼，敢来妄言！”此时还想称帝，太不自量。道言未绝，那对船上又跳出二将，拈弓搭矢，飞射过来，桓玄嬖人万盖、丁仙期，挺身蔽桓玄，俱被射倒。桓玄正在惊惶，突有数人持刀跃入，为首的正是对船卫弁。便骇问道：“汝等何人？敢犯天子！”卫弁即应声道：“我等来杀天子的贼臣！”说至此，即用刀劈桓玄，光芒一闪，桓玄之首分离。卫弁为谁？原来是益州督护冯迁。

益州毛璩有弟毛璠为宁州刺史，在任病殁。毛璩派兄孙毛祐之及参军费恬，扶榇归葬，并派冯迁护丧。恰巧中流遇着桓玄之船，由毛修之传递眼色，便一齐动手，杀死贼玄。不必细问，就可知对船发矢的二将，便是费恬、毛祐之了。冯迁既枭桓玄之首，执住桓玄之子桓升，杀死玄族桓石康、桓浚，令毛修之赍献桓玄首级及槛解桓升，驰诣江陵。晋安帝封毛修之为骁骑将军，诛桓升东市，下诏大赦，惟桓氏不原。

桓玄侄子桓振，逃匿华容浦中，招聚党徒，得数千人，探得刘毅等退屯寻阳，即袭击江陵城。桓谦亦匿居沮川，纠众应桓振。江陵城内只有王腾之、王康产二人守着，士卒无多，径被两桓掩入。王腾之、王康产战死。晋安帝尚寓居江陵行宫，桓振持刀进见，意欲行弑。还是桓谦驰入劝阻，方才罢手，下拜而出。为桓玄举哀发丧，桓谦率百官朝谒晋安帝，奉还玺绶，所有侍御左右，一律撤换，改用两桓之党羽，乘势攻取襄阳等城。

刘毅等还居寻阳，总道是元凶就戮逆焰消除，可以高枕无忧，哪知死灰复燃，复有两桓余孽，袭取江陵。急忙令何无忌、刘道规二将进讨两桓。师至马头，已由桓谦派兵扼住。两下里杀了一场，桓谦众败退。何无忌、刘道规直趋江陵。桓振令党徒冯该设伏杨林，自率众逆战灵溪，何无忌恃胜轻进，被贼军两路杀出，冲断阵势，大败奔还。幸亏刘敬宣聚粮缮船，接济何无忌、刘道规，复得成军，蹶而复振。

刘敬宣即刘牢之子，前时逃往山阳，拟募兵讨桓玄，未克如愿。再往南燕乞师，南燕主慕容德不肯发兵。刘敬宣潜结青州大族，及鲜卑豪酋，谋袭燕都，事泄还南。时桓玄已败死，走归刘裕，刘裕令为晋陵太守，寻又迁授江州刺史。他因刘毅等讨桓玄余党，所以筹备舟械，随时接应。

何无忌、刘道规得此一助，再进兵夏口。刘毅亦督军随进，攻入鲁城。刘道规亦拔偃月垒，复会师进克巴陵。号令严整沿途无犯，再鼓众至马头。桓振挟安帝出屯江津，遣使请和，求割江、荆二州，奉还天子。以皇帝为交换品，却是奇闻。刘毅等不许。会南阳太守鲁宗之起兵袭襄阳，桓振还军与战，留桓谦、冯该守江陵。桓谦遣冯该守豫章口，为刘毅等击败，桓谦弃城遁走。刘毅等驰入江陵，擒住逆党卞范之等，一并枭斩。

晋安帝当时在江陵，未被桓振挟去。刘毅得入行宫谒帝，由帝面加慰劳，一切处置，悉归刘毅主持。刘毅正拟追剿两桓，适桓振回救江陵，在途闻城已失守，众皆骇散，桓振亦只好逃匿涢州。既而召集散众，复袭江陵，为将军刘怀肃所闻，伏兵邀击，一鼓诛桓振。桓振为桓氏后起悍将，至此毙命，桓氏遗孽垂尽，惟桓谦等奔入后秦。

晋安帝改元义熙（公元405年）。再下赦书，除桓谦等不赦外独赦桓冲之孙桓胤，徙居新安，令存桓冲宗祀，保全功臣一脉。桓冲系桓玄叔父，有功晋室，封丰城公。刘裕闻报，使刘毅、刘道规留屯夏口，命何无忌奉帝东归。安帝乃自江陵启銮，还至建康。百官诣阙待罪，有诏令一并复职。授琅琊王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保，且封赏功臣，首刘裕，次及刘毅、何无忌、刘道规。诏敕有云：

朕以寡昧，遭家不造，越自遘闵，属当屯极。逆臣桓玄，垂衅纵慝，穷凶恣虐，滔天猾夏，诬罔神人，肆其篡乱，祖宗之基既湮，七庙之飨胥殄，若坠渊谷，未足斯譬。皇度有晋，天纵英哲，都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并、江九州诸军事镇军将军徐、青二州刺史刘裕，忠诚天亮，神武命世，用能贞明协契，义夫向臻，故顺声一唱，二溟卷波，英风振路，宸居清翳。冠军将军刘毅，辅国将军何无忌，振武将军刘道规，舟旗遄迈，而元凶传首，回戈叠挥，则荆汉雾廓。俾宣元之祚，永固于嵩岱，倾基重造，再集于朕躬。宗庙歆七百之祐，皇基融载新之命。念功惟德，永言铭怀，固已道冠开辟，独绝终古，书契以来，未之前闻矣。虽则功高靡尚，理至难文，而崇庸命德，哲王攸先者，将以弘道制治，深关盛衰，故伊望膺殊命之锡，桓文飨备物之礼，况宏征不世，顾邈百代者，宜极名器之隆，以光大国之盛。而镇军谦虚自衷，诚旨屡显，朕重逆仲父，乃所以愈彰德美也。镇军可进位侍中车骑将军都督中外诸军事，使持节徐、青二州刺史如故。显祚大邦，启兹疆宇，特此诏闻！

这诏下后，刘裕上表固辞。再加录尚书事，刘裕又不受，且乞请归藩。晋安帝不允，遣百僚敦劝，刘裕仍然固让，入朝陈情，愿就外镇，乃改授刘裕都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州，并前十六州诸军事，仍守本官，刘裕始受命，还镇丹徒。封刘毅为左将军，何无忌为右将军，分督豫州、扬州军事，刘道规为辅国将军，督淮北诸军事。余如并州刺史魏咏之以下，皆加官进爵有差。